Protocol

Please hand in a written protocol
• A answering all questions and exercises in R exercises 2 (affy, diff. exp., clustering) and

• B briefly explaining (in only 3-4 sentences per topic):

  Affymetrix Data
  3. What could be the problem with bad.cel?
  4. Why not look at a histogram of linear intensities ("large dynamic range" does not entirely explain the problem).

  Differential gene expression
  4.2. Compare the histograms of p-values and adjusted p-values.
  6.3. Please comment on the result.

Protokoll

• A Bitte beantworten Sie schriftlich alle in R exercises 2 (affy, diff. exp., clustering) enthaltenen Fragen/Aufgaben und

• B erklären Sie weiterhin kurz (d.h. jeweils in nur 3-4 Saetzen):

  Affymetrix Data
  3. Was kann das in bad.cel aufgetretene Problem sein?
  4. Wieso ist das Histogramm der linearen Intensitaeten uninformativ ("large dynamic range" beschreibt das Problem nicht komplett).

  Differential gene expression
  4.2. Was ist der Unterschied in den Histogrammen der p Werte vor und nach Multitest-Korrektur?
  6.3. Bitte kommentieren Sie das Ergebnis.